克罗恩病（CD）的肛裂分两种类型：一、原发性肛裂
与克罗恩病无关，并且其病损处外观和一般的肛裂并无差异，具有典型的特征：浅溃疡、位于正中线、从齿状线下延伸至肛管外缘。通常对以下治疗有效：坐浴、麻醉药和激素软膏、控制腹泻。原发性肛裂在克罗恩病病人中很少见。
二、CD相关的特发性肛裂
CD肛裂的特点是：溃疡深而宽，并且有时呈多发，常位于侧位，远离正中线并且常伴随其他肛周疾病。尽管这些肛裂病变看似严重，但一般不引起症状或症状轻微，文献报道40%~85%CD肛裂可合并疼痛。80%以上CD肛裂可自愈。如有肛周活动性CD，可口服甲硝唑、5-氨基水杨酸灌肠或肛门栓剂，还可考虑使用免疫抑制剂。如肛裂引起疼痛，应注意有无脓肿或瘘管形成。如肛裂不愈合、症状持续，需排除直肠炎可能。
三、处理原则
CD肛裂不应施行肛裂切除术。单纯肛裂如存在肛管压力过高、不伴直肠炎症时可能对内括约肌侧切术有效。经内科治疗不愈合的肛裂，如无合并直肠炎，大部分可经内括约肌侧切术治愈。如不进行内括约肌切开，最终可能形成脓肿或肛瘘。如同时存在直肠炎，应避免手术。
部分CD病人可出现一种特殊类型的肛管溃疡，溃疡面宽大而且呈穿透性，可累及大部分肛管，甚至呈环状，对常规的局部治疗无效。大溃疡形成空洞常引起肛周剧烈疼痛，高达56%病人有严重持续性疼痛，35%有排便疼痛。局部治疗如肉芽组织清创术以及局部注射糖皮质激素（同时口服硫唑嘌呤）可能有效，但这些病人常常最终需要切除直肠，并行粪便转流。
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