9－11月间根采下后，用水冲洗干净，刮去表皮，放在阳光下晾晒半天，使其失水变软，然后将根的木质部撕除，俗称“抽筋”。抽筋后再在晴天的阳光下晒2－3天，使其干燥，制成“丹皮”。
药用时再截成长1－1.5厘米、粗1厘米的小段。一般约1.25－1.5千克鲜根可晒成丹皮0.5千克。丹皮为名贵的中药材。牡丹根皮外层为木栓层，由多列木栓细胞组成。内为皮层，由薄壁细胞组成。皮层内为韧皮部，占根的绝大部分。中心为木质部和髓。牡丹根皮含有牡丹酚原甙，它容易受本身所含的酶水解而生成丹皮甙、芍药甙、丹皮酚、以及苯甲酸、挥发油、粮类和甾醇。
丹皮性微寒、味辛苦，无毒，有清血、和血、散淤血、除烦热的功效。还有通经、解热、降压、止痛、抗菌消炎的作用。对治疗头痛、腰痛、关节痛也有效。用丹皮水煎液治疗原始性高血压，有良好的效果。分级标准主要依据根的粗度、长度、色泽及粉质含量而定。一般以条长、匀整、肉厚、色白、粉足、光润者为上品，在北方丹皮常分为一级、二级、三级、四级和等外5个级别。在南方则分为头条、二条、三条、丹头壳、牡丹须和统货6个等级。
牡丹根作为极具药用价值的植物。它可以治疗：健脾止泻，止血和瘀。治消化不良，胃痛，泻痢，便血，衄血，月经过多，风湿疼痛，跌打损伤。治疝气。祛风逐湿，行瘀止痛，消炎解毒，杀虫。治头痛，偏头痛，风湿性关节炎，跌打损伤，乳腺炎，痈疽恶疮，腹股沟淋巴结炎，肠炎，丝虫病。
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